Az 1990 és 1995 közötti időszakban a minisztériumon, vezérkaron és a parancsnokságon belüli átszervezések mellett a fő hangsúly a csapat- és fegyverzetcsökkentésen volt. A NATO 16 és a Varsói Szerződés 7 államának 1990. november 3-i egyezménye értelmében a honvédség összesen 835 harckocsit, 840 tüzérségi eszközt, 29 önjáró hídverőt, 1700 gyalogsági harcjárművet, 180 harci repülőt és 108 harci helikoptert tarthat rendszerben. 1995. november 15-ig e korlátozásnak maradéktalanul eleget tettek. Ugyanezen időpontig több mint 200 hadrendi és hadrenden kívüli szervezet szűnt meg, többek között
A hadseregen belül továbbra is számos negatív jelenség volt tapasztalható. Ezek egyik jellemzője, hogy a tisztek erkölcsi megbecsültsége után az anyagi is katasztrofális szintre zuhant: a kezdő fizetések összege éppen eléri a létminimumot, de a hosszabb ideje szolgáló és magasabb rendfokozatú, beosztású tisztek javadalmazása is elégtelen. További problémát mutat a sorkatonai szolgálatra – mely 1990 őszétől már csak 12 hónap – való alkalmasság kérdése is. Amíg az 1960-as évek közepén a sorozóbizottságok előtt megjelenő fiataloknak csak valamivel több mint 6%-a volt alkalmatlan, illetve kizárólag szakszolgálatra alkalmas, addig 1995-ben ez az arány már elérte a 35%-ot! A bevonultatottak közül is jelentős számú katonát kell leszerelni idő előtt a legkülönfélébb okokból. A Katonai, később Tábori Lelkészi Szolgálat megszervezésével viszont megvalósult a hivatásos és sorállomány lelki gondozása és mód nyílt a polgári szolgálat vállalására is.
Az egyik legfontosabb szervezeti változás volt a csapatok életében, hogy 1991-ben megszűnt az
1995. december 15-ével a Szárazföldi Csapatok Parancsnoksága helyett létrehozták a
4. gépesített hadtestparancsnokságot, a tatai 1. Katonai Kerület megszűnt. A kaposvári 2. és a ceglédi 3. Katonai Kerületparancsnokságok helyén az azonos számú gépesített hadosztály-parancsnokságokat alakították meg, a Légvédelmi Parancsnokság helyén pedig a 2. repülő- és légvédelmi hadtestparancsnokságot. A Budapesti Katonai Kerületparancsnokság átalakult Központi Rendeltetésű Szervezetek Parancsnokságává úgy, hogy csapatai, struktúrája zömében változatlan maradt. Megkezdték a szintén tatai 25. „Klapka György” Harckocsidandár átalakítását önálló gépesített dandárrá, mely alakulat a terv szerint a honvédség első NATO-kompatibilis csapatteste lesz. A szervezés befejeztével egységi hadilétszámúra lesznek feltöltve.
1995 decembere óta – ugyan más politikai körülmények között – ismét idegen csapatok állomásoznak Magyarországon. A NAT boszniai béketeremtő akciójában részt vevő Amerikai Egyesület Államok haderőinek légi- és utánpótlási bázisa Taszáron és Kaposváron, a dán, norvég, svéd, finn és lengyel alakulatokat magába foglaló ún. Északi Dandáré pedig Pécsett található. A béketeremtésben a Honvédség egy zászlóalj erejű műszaki kontingenssel vesz részt, mely 1996 januárjától tartózkodik horvátországi hadműveleti területén.
Megállapítható, hogy a rendszerváltozás kezdete óta átalakult a Honvédség béke- és hadihadrendje, módosult a csapatok diszlokációja. Területileg egyenletesebbé vált a katonai szervezetek békefeltöltöttsége, megtörtént a haderő depolitizálása, valamint kidolgozásra került az új, alapvetően védelmi jellegű katonai doktrína. Fontos, hogy Für Lajos személyében több mint négy évtized óta először került polgári személy a honvédelmi tárca élére. A jelenlegi átalakítási folyamatok eredményei még csak részben látszanak, ugyanakkor a nagyszámú leszerelések és elbocsátások, valamint a további csapatcsökkentések miatti elégedetlenség egyre erősödik a tisztek, tiszthelyettesek és egyéb honvédségi dolgozók körében.